Die Mitglieder eines Departments wählen zu ihrer Organisation einen Vorstand, der das Department leitet. Der Vorstand wirkt an der Entscheidung über den Erwerb einer Mitgliedschaft mit und ist zuständig für die konzeptionelle Entwicklung des Departments und die Planung seiner Aktivitäten. Er nimmt Stellung zu Forschungsanträgen und aktuellen Themen und stimmt die Strategie mit dem Wissenschaftlichen Beirat ab, der ihn in strategischen Fragen zur Entwicklung des Departments berät. Der Vorstand eines Departments besteht aus bis zu sieben Mitgliedern des Departments. Der Vorstand wird von der Mitgliederversammlung für jeweils zwei Jahre gewählt. Die Mitglieder des Vorstandes sollen das Fächerspektrum des Departments widerspiegeln.

Jedem Vorstand eines Departments ist ein Wissenschaftlicher Beirat zur Seite gestellt. Der Wissenschaftliche Beirat besteht aus mindestens drei Personen. Sie werden auf Vorschlag des Vorstandes des Departments von dem Rektor der Universität Rostock berufen. Die Amtszeit der Mitglieder beträgt vier Jahre. Die Mitglieder sind international angesehene Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler aus den Wissenschaftsgebieten des Departments sowie Akteure aus der Wirtschaft. Der Wissenschaftliche Beirat berät den Vorstand in allen bedeutsamen wissenschaftlichen Fragen, insbesondere bei der langfristigen Forschungs- und Entwicklungsplanung.