Das Department „Maritime Systeme“ (MTS) verbindet Forschungsschwerpunkte in den Natur-, Ingenieur- und Umweltwissenschaften. Im Department MTS stehen Fragestellungen zum Verständnis und Funktion der maritimen Umwelt und Lebensräume, sowie deren Schutz und nachhaltige Nutzung im Fokus. Das langfristige strategische Ziel ist, das deutsche Kompetenzzentrum für Küstenforschung und nachhaltige maritime Schlüsseltechnologien mit internationaler Sichtbarkeit zu werden. Das erweiterte Verständnis der Dynamik von Küstensystemen wird interaktiv und modellbasiert zugänglich gemacht. Damit soll dem wachsenden gesellschaftlichen Bedarf gerecht werden, Handlungswissen zu  Fragen zur Anpassung und Nutzung der Meere und seiner Küsten im Kontext des globalen Wandels zu generieren. Voraussetzung (zur Erreichung des Ziels) ist es gleichermaßen, Projekte zum vertieften wissenschaftlichen Verständnis des Ökosystems Meer sowie zu in diesem Kontext relevanten technischen Innovationen voranzutreiben. Erfahrungen vor Ort (Ostseeraum) als auch von ähnliche Küstenregionen weltweit sollen Eingang in Modelle finden, die zuverlässige Vorhersagen zur Interaktion von Lebewesen und Umwelt (Atmosphäre, Wasser und Sedimente) als Reaktion auf Veränderungen (Nutzungs- und Schutzmaßnahmen) erlauben. Essenzielle operative Basis (zur Erreichung des Ziels) ist der Forschungskatamaran Limanda, als mobile Plattform auf und unter Wasser. Das Netzwerk vielfältiger ingenieurswissenschaftlicher Kompetenzen sowie der Ocean Technology Campus Rostock unterstützen die Anbindung an die regionale und maritime Wirtschaft.  Die Kompetenz des Forschungstauchens komplementiert das Portfolio.