Generell lässt sich die Forschung innerhalb des Departments in drei Projektbereiche unterteilen:

• Biogeochemie in küstennahen Gebieten
• Anthropogene Einflüsse
• Technik und Robotik im Flachwasser

Mitglieder des Departments Maritime Systeme forschen in multi- und interdisziplinären Verbundprojekten. Innovative Erkenntnissen entstehen durch Schnittmengen zwischen den Projektbereichen.